臺灣省有機農業生產協會于民國86年12月26日成立，臺灣省省級人民團體立案證書(八七)社二字第八二六號，為一人民團體，目的為辦理有機農產品驗證。民國88年理監事籌備有機農產品驗證委員會。 89年經理事會決議同意設立有機農產品驗證委員會(以下簡稱驗證委員會)。第一屆驗證委員會草擬有機農產品驗證辦法、有機農產品生產基準、證明標章規定及證明標章使用要點，做為審查管理有機栽培農戶的依據。 

隨著有機農業不斷快速發展，違規事件層出不窮，為有效管理有機栽培農戶，民國90年驗證委員會第一次修訂有機農產品驗證辦法，增列「違規判定」及「違規懲處」條例。當時由于本協會驗證委員多為理監事兼任，農委會建議本協會改聘資深農業背景學者、專家及業者擔任驗證委員，以維持驗證的公正性與超然的立場。本協會同年改聘資深農業背景學者、專家及業者擔任第二屆驗證委員會委員，并重新討論修訂本協會相關規范及積極申請農委會之有機農產品驗證機構認證。 

民國92年順利取得農委會農糧字第 0920020083 號函正式核定本協會為行政院農委會認證之有機農產品驗證機構，經本協會注冊使用之有機農產品證明標章，可加注「行政院農業委員會認證」字樣。同年，因國際有機農法無「準有機」標準，農委會大符修訂并公告修正現行法規。民國92年本協會改聘第三屆驗證委員會，并重新草擬有機栽培資格審查作業程序，明定驗證審查作業程序的步驟，使農友有所依循將，并進一步修訂本協會之有機農產品驗證辦法。民國94年有鑑于違規事件不斷發生及業者申訴事件無法獲得有效解決，另設立申訴評議會(以下簡稱申評會)及訂定申訴管理辦法，處理農友申訴案件。 

96年1月29日總統公布『農產品生產及驗證管理法』，接續農委會公告配套作業的相關子法規定，本協會配合政府政策，有效管理有機農產品經營業者，確保食品安全，保障農業經營業者與消費者權益，并提升標準與國際接軌，故積極調整制度與運作，以向全國認證基金會提出認證申請。本協會為符合全國認證基金會ISO/IEC 17065及農委會相關規定，將第四屆驗證委員部份改組以符合公正性、利益迴避原則與TAF相關規定。同時，籌組諮議委員會針對本協會品質系統提供完整意見，確保有機產業發展能符合執行ISO/IEC 17065產品驗證機構認證規范之規定，對有機農產品驗證的施行能更加周延。